目的:分析基本药物制度引致的医疗机构的损益。方法:以我国西部某贫困县为样本地区,采用现场调查法收集资料,选取2009年为基准年,比较分析样本地区全部政府办医疗机构在2010—2015年间由于药品政策、医疗服务价格调整和财政补助调整所造成的损益及损益率。结果:基本药物制度实施后,医疗机构整体得益,且其得益呈现逐年增加的趋势,得益率从2010年的-2.15%增长到2015年的47.70%;对不同级别医疗机构的进一步分析显示,各自损益的归因各不相同,村卫生室和乡镇卫生院得益主要归因于政府补助调整,而县级医院得益主要归因于医疗服务价格调整。结论:基本药物制度的落实对于调整医疗机构损益来源的构成有一定作用,推进基本药物制度实施过程中,应进一步确保医疗机构平稳运行和发展,着重调整乡镇卫生院医疗服务价格。