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功能性消化不良的主要临床表现为上腹部疼痛、腹胀、早饱、食欲不振、嗳气、恶心、呕吐等。随着病情进展，患者还可能出现上腹部烧灼感和反酸等症状，且有不少患者同时伴有失眠、焦虑、抑郁、头痛、注意力不集中等精神症状。尽管查不出相关的器质性病变，但这些症状往往经年累月，持续或反复地出现，严重影响患者生活质量。