南京城市的起源和发展与长江的自然变迁密切相关,特定自然地理环境中形成了古都城市格局,目前规划中没有将古都风貌保护作为地理环境系统中的对象来研究,缺少对产生历史城市的自然环境变迁分析,没有顺应自然河流网络和连绵山系查寻历史上的城市遗址,缺少相应的从地理学角度研究的自然风貌保护规划。南京有著名历史地貌"虎踞龙蟠"之称的钟山、石头城,市郊有长江,市内有秦淮河、玄武湖、莫愁湖等历史河流湖泊。宁镇山脉地貌西段的3个分支形成南京地理格局,古代在西、北、东3面连绵山脉环行形成有2道山岭屏障,尤其是石头山。虎踞长江边,军事战略地位重要。南京地区新石器遗址主要是分布在秦淮河与金川河沿岸。这二条河是长江的支流,也是形成南京丘陵地区冲积小平原的河流。明朝以后居民开始向长江沿岸发展。天然山水地形造就南京多次成为中国历史上位于南方的古都。即使不作为都城时期,也是持续作为中国政治、经济、文化有重要影响的城市。如何在建设现代化城市同时也保护自然环境景观?如何使古都面貌在城市空间内仍然继续体现?这是迫切值得研究的问题。历史上许多著名的文化遗迹与自然地形融合,以至今日依稀可寻,今日南京城市规划应该继承自己的优秀传统。