【摘 要】
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目的 对辽宁省HIV-1耐药检测中发现的1份未明确分型的样本进行近全长基因组序列分析,阐明其重组模式及可能的亲本来源.方法 提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段
【机 构】
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辽宁省疾病预防控制中心艾滋病与性传播疾病预防控制所,辽宁沈阳110005;北京市疾病预防控制中心
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目的 对辽宁省HIV-1耐药检测中发现的1份未明确分型的样本进行近全长基因组序列分析,阐明其重组模式及可能的亲本来源.方法 提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段对HIV-1近全长基因组进行扩增,对稀释度高的阳性扩增孔进行Sanger法测序.用SimPlot 3.5.1软件确定重组模式,并按重组断点分区域构建邻接法系统进化树,确定亲本毒株的可能来源.结果 经扩增和测序获得8 957核苷酸的HIV-1近全长基因组序列.在CRF01_AE骨架上,其gag基因全长和pol基因大部分片段被B亚型毒株相应片段重组替换,共有6个基因片段.亲本来源分析表明,该基因组片段Ⅰ(HXB2 nt 641-2901)、Ⅲ(3514--3845)、Ⅴ(4026-4836)来自于B亚型毒株(HQ215554),片段Ⅱ(HXB2 nt 2902-3513)、Ⅳ (3846--4025)、Ⅵ(4837-9606)来自于g4a CRF01_AE毒株(CYM059),均来自北方男男性行为人群.在检测到M184V、T215F和K103N、N348I耐药突变后更换克力芝为主的二线治疗方案,获得较好的病毒抑制效果.结论 在辽宁省发现1株HIV-1新发重组毒株,其亲本来自我国北方男男性行为人群中流行的g4aCRF01 AE与B亚型毒株.
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