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并行交替采集系统中，由于各采样通道间时间延迟不一致引入的偏差使得输出采样序列非均匀，严重地降低了系统性能。现有盲估计算法计算量大，无法实现工程应用。通过分析采样样本统计变化趋势，提出了一种计算量更小的采样通道延迟估计算法，并采用分数延时滤波器完成校正，降低了设计难度与成本，系统校正性能和实时性高，适于工程实现。