葡萄座腔菌属(Botryosphaeria)真菌是导致多种水果溃烂的重要致病菌,从形态上很难区分。选取了4个DNA片段(ITS、LSU、SSU、EF-1α)作为3种重要苹果致病菌(Botryosphaeria stevensii、Botryosphaeria dothidea、Botryosphaeria obtusa)的候选条形码进行PCR扩增、Sanger测序和序列分析。结果表明,PCR扩成功率ITS>SSU>LSU=EF-1α,ITS的PCR扩增成功率达到100%;序列分析发现ITS和EF-1α基因种内序列保守,种间差异明显,而且B.dothidea菌种在EF-1α基因中存在一段100 bp左右的特异片段,可以特异区分该菌株,但核糖体基因LSU和SSU种间、种内没有明显差异;结合Gen Bank中的葡萄座腔属真菌ITS序列进行系统发育分析,显示3种葡萄座腔菌属菌株分别位于3个独立的分支,分析结果与形态鉴定结果一致。推荐使用ITS和EF-1α两个基因共同作为这3种葡萄座腔属真菌的条形码。