近年来,重大环境污染和生态破坏事件层出不穷,环境犯罪居高不下,环境刑事司法对此却回应不力。寥寥无几的环境污染犯罪案件与数量庞大的环境行政处罚案件差距悬殊;屈指可数的环境污染犯罪案件判决与全国发生的特大环境污染事故数量反差强烈。究其原因,一是立法方面,环境行政违法与环境犯罪界限模糊。二是实践方面,环境犯罪案件移送遭遇瓶颈制约,环境行政执法与刑事司法衔接程序方面的规定较原则,案件移送衔接程序较复杂,环境犯罪证据采集较困难。三是司法方面,环境刑事司法自身存在短板。环境刑事司法规则缺失,环境司法专门化制度不完善,专业化的审判机制尚未建立,专业化的审判队伍也极度匮乏。为有效破解环境刑事司法之困境,有必要从确立生态法益及环境犯罪的独立性,完善环境行政执法与刑事司法衔接的立法,健全环境行政执法与刑事司法联动机制,探索建立环境警察制度,推进环境司法专门化等方面努力,以期改革和完善我国的环境刑事司法制度。