在形态学鉴定的基础上,采用线粒体COI基因特异扩增测序及GenBank虾虎鱼亚科相近属已有序列联合配对分析的方法鉴定了南四湖须鳗虾虎鱼Taenioides cirratus的分类地位,探讨了该鱼的种群来源。对16尾须鳗虾虎鱼的线粒体COI基因进行测序,获得了长度为633 bp的COI基因序列,从Genbank中获得其他17种虾虎鱼的相应序列。结果显示:须鳗虾虎鱼COI基因部分序列密码子的第一位点GC含量最高,平均A+T含量高于G+C含量。用MEGA软件计算虾虎鱼的种间遗传距离,用邻接法和最大似然法构建分子系统树结果表明,南四湖须鳗虾虎鱼与采自福建兴化湾的须鳗虾虎鱼亲缘关系最近,可归为鳗虾虎鱼属,但在遗传变异上已超出种的分化水平。推测南四湖的须鳗虾虎鱼由长江和淮河水系调水进入的须鳗虾虎鱼个体扩散建群,可能受南水北调东线工程的调水迁移的影响。