社会经济发展导致人类对水资源系统干扰程度加剧,水资源短缺成为社会普遍关注的生态环境问题.水资源短缺评价历经40年发展,取得了从“水量型”一维模式、“水量-水质型”二维模式到“水量-水质-生态”(“量-质-生”)三维模式的阶段性进展.本文在对国内外水资源短缺评价进行系统梳理的基础上,提出了“量-质-生”三维水资源短缺理论及评价框架体系,并对三维水资源短缺评价原理和核算方法进行了阐述.最后总结了未来4个主要研究方向,即完善三维水资源短缺评价理论体系、开展多空间尺度应用研究、考虑实体水-虚拟水时空流动的影响,以及揭示水资源短缺演变机理.在水资源短缺评估中,综合考虑水量、水质和生态3个维度,可以突破传统单一模式的限制,有利于有的放矢地制定水资源应对策略,实现水资源综合管理.