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2006年6月29日到7月4日，阜宁县境内连降暴雨，累计降雨量达418mm，雨量居20世纪80年以来之首，涝灾重于2003年。对正处于现蕾开花期棉花造成了极大影响。不少棉田长期积水，导致棉花生理机能衰退，叶片受伤，根系受损，出现烂根、黑根和死苗。综合1991年、2003年棉花涝后抢管夺高产的经验，在田间管理上应针对不同涝灾特点分类指导。因苗、田地制宜，充分利用棉花补偿能力强，恢复生产快的特点，加强田间管理。