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牦牛酸奶作为青藏高原主要传统发酵食物之一，其中的微生物类群与人类健康密切相关。本研究运用高通量测序技术，对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析，并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及PCoA分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异；LEfSe分析及组间差异分析表明，农、牧区牦牛酸奶菌群的优势属均为厚壁菌门(Firmicutes)下的乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属( Lactococcus )及链球菌属(Streptococcus)，上述三个属及其余7个丰度相对较低的属在不同区域牦牛酸奶中具有显著性差异(P<0.05)；回归分析和db-RDA对环境因子的分析显示海拔高度对样本间差异的解释度大于年均温。本研究为进一步揭示自然环境与青藏高原发酵食品中微生物多样性之间的关系、筛选优良菌种提供参考。