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记录到清澜港红树林湿地鸟类52种,隶属于19科9目。其中水鸟31种,陆生鸟类21种;留鸟29种,迁徒鸟类23种,在这些鸟类中有国家二级保护鸟类3种,中日鸟协定名录中的鸟类17种,中澳候鸟协定名录中的鸟类18种。清澜港鸟类物种数量存在季节变化,无论是从总的鸟类种类看,还是从水鸟种类看,都是以冬季鸟类种数量多,而夏季鸟类种数量少,年变化趋势是:冬季〉秋季〉春季〉夏季。鸟类物种数量季节变化的最重要原因是