目的研究婚内性传播的艾滋病病毒(HIV)准种传播和进化规律,并探讨样本类型(全血、血浆)对分析结果的潜在影响。方法选择传播关系和传播时间明确的4对婚内新近传播HIV夫妻作为研究对象,采集血液样本,分别提取全血、血浆中的总核酸、核糖核酸(RNA),进行HIV基因亚型分析。以HIV-1包膜蛋白(env)基因区为目的片段,分别将总核酸或RNA反转录产物进行巢式聚合酶链反应(PCR)扩增,构建脱氧核糖核酸(DNA)文库,Miseq高通量测序,分析HIV准种分布,计算样本内、夫妻样本间的基因离散率,并做系统进化树分析。结果4对夫妻的HIV基因亚型分别相同。除1对夫妻的血浆样本PCR扩增失败外,其余14份全血、血浆样本成功进行Miseq测序,获得134 135(67 831~178 392)条有效序列,代表101(12~455)个独特准种。多数样本中前20个准种序列的频数占总序列数的比例>80%;6/8的受检者全血样本中,第1个优势序列的频数占了90%以上;同一受检者全血样本中高频准种的分布比血浆中更集中。基因离散率、系统进化树分析结果显示,4对夫妻的婚内HIV传播关系都与预期相符,传播方向除1份血浆样本外同样与预期相符。结论 HIV准种的多样性和频数分布有助于了解HIV的传播和进化规律,全血样本所得的HIV感染溯源分析结果比血浆样本更可靠、更实用。