【摘 要】
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目的评估5′-非翻译区(5′-untranslated region,5′-UTR)扩增测序法对临床标本直接进行肠道病毒(enterovirus, EV)血清型分型的价值。方法收集实时荧光聚合酶链反应(real-time PCR)检测EV通用型核酸为阳性的肛拭518份、鼻拭148份,采用5′-UTR区逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)对标本中的EV进行
【机 构】
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510282 广州,南方医科大学珠江医院检验医学部 广东省突发传染病病原微生物重点实验室,510282 广州,南方医科大学珠江医院检验医学部 广东省突发传染病病原微生物重点实验室,510282 广州,
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目的评估5′-非翻译区(5′-untranslated region,5′-UTR)扩增测序法对临床标本直接进行肠道病毒(enterovirus, EV)血清型分型的价值。
方法收集实时荧光聚合酶链反应(real-time PCR)检测EV通用型核酸为阳性的肛拭518份、鼻拭148份,采用5′-UTR区逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)对标本中的EV进行扩增、测序、比对及血清型分型,与VP1(viral protein 1)区简并引物巢式PCR测序分型方法比较,两者不一致的标本经EV血清型特异性RT-PCR验证。
结果666份EV通用型核酸为阳性的标本,5′-UTR和VP1区各分型成功553例(83.0%)和318例(47.7%),P<0.001;以VP1法为参考,对肛拭中主要检出的血清型CoxA6(217例)、CoxA16(88例)、EVA71(40例)、CoxA10(28例)和CoxA4(27例),5′-UTR法敏感度(57.1%~100%)、特异度(67.4%~98.1%)以及方法一致性(kappa值0.188~0.847),均因血清型而异;对鼻拭中主要检出的血清型EVD68(15例),5′-UTR法敏感度100%,特异度91.1%,一致性差(kappa值0.217)。分型不一致标本,经CoxA6、CoxA16、EVA71、CoxA10和EVD68型特异性RT-PCR验证,大部分得以确认。以VP1法联合型特异性RT-PCR法为参考,5′-UTR法的敏感度和特异性以及与参考方法的一致性均提高。
结论5′-UTR对肠道病毒的分型的敏感度和特异度因血清型而异,应用时应根据研究目的综合考虑。
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