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在清末“新政”以前，清代的医疗行政制度沿袭前代的做法。主管医事的机构大致分为两个系统：一是掌医药政令、医学教育的太医院，一是负责日常“供御”医药的御药局。“新政”后，清代医疗行政管理制度发生了重大变化，建立了近代医疗行政管理制度，奠定了近现代以来的医疗行政管理制度的基础。研究清代医疗行政管理制度及其近代转型对我国当代医疗行政管理的建设或许有所启迪。