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基因芯片的为研究植物不同个体或物种之间以及同一个体在不同生长发育阶段,正常和疾病状态下基因表达的差异,某一性状多基因的协同作用,寻找和定位新的目的基因等方面带来了革命性的变革,与传统研究基因差异表达的方法相比,它具有微型化,用材少,快速,准确,灵敏度高,大同一芯片上同时大信息平行检测的优势,其在基因表达图变的绘制,寻找目的基因和功能基因等研究方面已取得了显著的成绩,如拟南芥,酵母,水稻等。