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本试验旨在研究苜蓿黄酮对奶牛瘤胃菌群结构和组成的影响。选取4头装有瘘管的头胎荷斯坦奶牛,试验采用4×4拉丁方设计,每头奶牛每天饲喂全混合饲粮(TMR),其中分别添加0g(A组)、20g(B组)、60g(C组)和100g(D组)苜蓿黄酮。试验分为4期,每期24d。每期采集瘤胃液,提取总DNA后在Illumina MiSeq平台上进行测序。结果为:1)4个处理组共产生52747个OTU,共享16142个OTU,占总OTU数量的30.60%,其中试验A组的OTU数量最高。2)Shannon指数随着苜蓿黄酮添加剂量的升高呈先上升后下降的趋势,试验C组的Simpson指数显著高于试验D组和A组(P<0.05),但各处理组间的ACE和Chao 1指数无显著性差异。3)各试验组间的细菌门的数量没有显著性差异,但试验C组的细菌属的数量显著高于试验B组和试验A组(P<0.05)。在门水平上,SR1门相对丰度随着苜蓿黄酮添加水平的升高呈线性升高的趋势(0.05<P<0.10);互养菌门相对丰度随着苜蓿黄酮添加剂量的增加呈先下降后升高的趋势(0.05<P<0.10)。在属水平上,试验B组RC9和SP3-e08属相对丰度显著高于试验A组,而Oribacterium属相对丰度则与之相反;Shuttleworthia属相对丰度随苜蓿黄酮添加剂量的升高呈线性升高(P<0.05),其中试验D组的相对丰度高于试验A组。4)通过聚类分析,试验A和B组细菌群落结构比较相似,试验C和D组细菌群落结构比较相似。结果表明,饲粮中添加苜蓿黄酮能够改变瘤胃细菌的群落结构和组成,进而影响营养物质的消化和代谢。