基于支持向量机(SVMs)的人类核心启动子的识别

来源 :安徽农学通报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：bw133934

【摘要】

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本文采用基于支持向量机(SVM s)的方法预测了4类含有核心启动子元件的启动子和含有CCAAT-box的启动子。4类核心启动子元件分别是DPE,BRE,TATA-box和Inr。特征提取采用基于位

【作者】

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徐文韬叶子弘俞晓平

【机构】

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中国计量学院生命科学学院,中国计量学院生命科学学院浙江杭州310018,浙江杭州310018

【出处】

：

安徽农学通报

【发表日期】

：

2006年13期

【关键词】

：

人类核心启动子支持向量机(SVMs) 位点权重矩阵(PWMs) 预测识别

【基金项目】

：

浙江省教育厅项目(No.20060522),中国计量学院自然科学基金项目(No.0100802-0040),中国计量学院第十届学生科研计划项目

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本文采用基于支持向量机(SVM s)的方法预测了4类含有核心启动子元件的启动子和含有CCAAT-box的启动子。4类核心启动子元件分别是DPE,BRE,TATA-box和Inr。特征提取采用基于位点权重矩阵(PWM s)的程序Promoter C lassifier进行。本文预测结果的敏感度,确定度,以及相关系数均高于三种启动子预测方法(PromoterInspec-tor(PI),Promoter 2.0 Pred iction(PP)和Neural Network Promoter Pred icti

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