基于胃癌基因组学的机器学习识别特征性甲基化位点

来源 :中华病理学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jhzdw1982
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目的

基于基因组学的数据,通过机器学习,构建胃癌相关甲基化预测模型。

方法

下载TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库中胃癌基因突变数据、基因表达数据和甲基化芯片数据,进行特征选择,构建支持向量机(径向基核函数)、随机森林和误差反向传播(error back propagation,BP)神经网络模型,并在新的数据集中进行模型的验证。

结果

在3个模型中BP神经网络的检验效能最高(F1 值=0.89,Kappa=0.66,受试者工作特征曲线下面积=0.93)。

结论

BP神经网络能够充分利用分子检测的基因组数据进行机器学习,可以用于胃癌相关甲基化预测。

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