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以油茶DNA为材料,对AFLP分析中的基因组DNA酶切用量、连接液稀释倍数、预扩增产物稀释倍数、Mg2＋浓度等4个因素进行优化比较。结果表明,用EcoRⅠ和MseⅠ双酶切500 ng基因组DNA效果最好,酶切产物加接头后稀释10倍进行预扩增效果较好。在Mg2＋浓度为50μmol/L时,预扩增产物稀释90倍作为选择性扩增模板,扩增效果最佳。此体系的建立为AFLP在油茶遗传多样性研究中的应用打下了基础。