为研究阿坝地区东方蜜蜂工蜂肠道菌群结构及多样性,提取阿坝地区东方蜜蜂样本(Ac.AB)中肠和后肠,运用细菌16S rRNA V3-V4区域高通量测序进行检测.结果显示,Ac.AB肠道菌群群落中门水平含量大于1％的有变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),平均相对丰度分别为49.72％、35.07％、12.81％和2.13％;Ac.AB肠道菌群群落中属水平含量大于2％的有Lactobacillus、Gilliamella、Snodgrassella和Bifidobacterium,其平均相对丰度分别为34.51％、36.10％、5.86％和2.10％.进一步将Ac.AB与重庆地区东方蜜蜂样本(Ac.CQ)、西方蜜蜂样本(Am)的肠道菌群进行对比,通过菌群丰富度指数(ACE、Chaol)、丰度等级曲线等比较分析,Ac.AB肠道菌群丰富度和均匀度均高于Ac.CQ与Am.LEfSe分析表明,Ac.AB肠道菌群与Ac.CQ、Am存在组间差异.Lactobacillus在Ac.AB中肠中相对丰度较高,平均丰度值为23.84％;Gilliamella在Ac.AB后肠中相对丰度较高,平均丰度值为33.78％.本研究结果表明Ac.AB与Ac.CQ、Am肠道核心菌群种类一致,但在丰富度、均匀度和组间差异分析方面差异明显,这可为进一步探索阿坝中蜂肠道菌群多样性及其在高原生境中的适应机制提供新思路和基础数据.