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1991年3月组建南京军区儿科专科中心。1997年10月组建南京军区儿科研究所。2000年9月经总后卫生部批准为全军儿科疾病诊治中心。1993年10月，通过国家卫生部、联合国儿童基金会、世界卫生组织检查，批准为全军首批爱婴医院。1998年12月，经总后卫生部批准，组建全军计划生育优生优育中心。2003年10月，经总后卫生部批准，组建全军计划生育优生优育研究所。