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全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具.文章使用猪60K SNP 芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820) 进行分型检测,共计57 814 个SNP 通过设定质控标准.主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象,而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model (GAPIT 程序包)、Bayes CPi(GenSel 软件)进行第1 和第2 胎次总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联分析.从两种分析方法所得结果中各取最显著的50 个SNP 位点进行比较:对于第1 胎次总产仔数,两种方法分析结果存在31 个重合SNP 位点,对于第1 胎次产活仔数,有20 个重合SNP 位点; 且两种统计分析结果中最显著的SNP 位点都在另一方法中得到验证.与第1 胎次总产仔数显著关联的SNP 位于1、2、3、7、13、16 和18 号染色体,与第1 胎次产活仔数显著关联的SNP 位于1、3、4、13 和16 号染色体上的11 个区域内.在1、3、13 和16 染色体上共有5 个区域同时与这两个性状显著关联.与第2 胎次总产仔数和产活仔数显著关联的区域主要位于7、10、12、13、14 和16 号染色体的6 个重叠区域内.