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儿童播散性隐球菌的报道少，确诊主要依靠组织病理检查和病灶内脓液穿刺标本的病原学涂片和培养。笔者报道1例以长程发热、咳嗽为表现，CT表现双肺弥漫广泛密度增高影的患儿，经支气管镜肺泡灌洗液病原高通量基因检测到隐球菌核酸序列，并于骨髓培养发现新型隐球菌，予以两性霉素B脂质体及氟康唑治疗后效果良好，热退、咳嗽症状消失。启示我们对于慢性发热查因合并呼吸道症状等疑难病例患儿，可通过支气管镜肺泡灌洗液病原高通量基因检测尽快找到致病病原体，及早干预治疗。