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针对时变系统误差的情况，提出了一种基于区间重合度的雷达与电子支援措施（ESM）航迹关联算法。分析了时变系统误差对雷达与ESM测量数据的影响，将时变系统误差下航迹的不确定性转化为区间问题，通过区间的重合度来衡量雷达与ESM航迹关联程度，建立了灰色关联分析模型，实现了无需系统误差配准下的雷达与ESM航迹关联。在不同误差下进行了仿真对比，仿真结果表明，该算法能有效地实现时变系统误差下的雷达与ESM航迹关联，具有良好的鲁棒性。