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哈尔嘎嘎林恩铜金矿床位于西天山阿吾拉勒铁一铜一金多金属成矿带东段，矿区下石炭统艾肯达坂组地层大面积出露，海西晚期闪长岩类分布广泛，NNW向及NW向断裂构造发育。目前已发现的6个铜及铜金矿体均产于艾肯达坂组火山碎屑岩中，主要矿石矿物为黄铜矿、斑铜矿及辉钼矿。钾化、黄铁绢英岩化、青磐岩化等蚀变发育，具斑岩型矿床围岩蚀变典型分带特征。1：1000地质一化探剖面测量结果表明，Cu、Au、Mo、Ag等元素含量变化趋势一致且与矿（化）体及钾化蚀变吻合较好；瞬变电磁及磁法测量结果均指示Ⅱ、Ⅲ号矿体SE端深部可能存在隐伏