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党的十六届三中全会作出了要建立现代科研院所制度的决定。但是，究竞什么样的制度是现代科研院所制度一直是理论界和有关部门长期探索却悬而未决的问题。文章从制度的基本属性出发，在厘清传统科研院所和现代科研院所主要区别的基础上，明确提出：现代科研院所制度就是现代市场经济中用来规定、协调创新性公共知识产品的生产、交换、消费等诸多经济关系从而实现科研院所收益，使其形成内在发展动力的一整套秩序和规则。