【摘 要】
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发展了人肠道病毒B细胞线性表位(简称线性表位)的生物信息学预测算法,系统性地预测和比较了人肠道病毒71型(Enterovirus71,EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxsackievirusA16,CVA16)
【基金项目】
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浙江省基础公益研究计划项目(LGF18C060001);浙江省教育厅科研项目(Y201533182);宁波市自然科学基金(2018A610240);宁波大学研究生科研创新基金;宁波大学大学生科研创新计划(2018SRIP1913,2018SRIP1916)
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发展了人肠道病毒B细胞线性表位(简称线性表位)的生物信息学预测算法,系统性地预测和比较了人肠道病毒71型(Enterovirus71,EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxsackievirusA16,CVA16)的线性表位.结果显示:EV71和CVA16结构蛋白(Viral Protein, VP)上都有16个线性表位,2种肠道病毒的线性表位的位置高度一致,但氨基酸序列保守性较低,大多数表位都存在至少3个氨基酸残基的差异,提示2种病毒的线性表位具有血清型特异性,这很可能是两者不能交叉反应的原因.线性表位主要分布在β链之间的环上和C-末端,分别有13个(81.3%)和2个(12.5%)表位.与文献报道相比较,16个线性表位中,分别有6个(37.5%) EV71和12个(75%) CVA16的表位已被实验验证.特别是实验研究重点关注的VP1,6个预测表位中,分别有4个(66.7%) EV71的预测表位和5个(83.3%)CVA16的预测表位已被实验所验证.说明算法具有较高的预测可靠度.线性表位的实验研究主要集中在VP1,预测结果提示VP2和VP3也能形成表位,应该加以重视.生物信息学算法通过预测和筛选潜在的线性表位,能够大大降低实验负荷,为包括EV71和CVA16在内的人肠道病毒的研究提供有力支持.对肠道病毒线性表位的预测,有助于更好地监测和预警手足口病疫情,辅助疫苗的研发和准备.
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