角化细胞相关蛋白3基因(keratinocyte-associated protein 3, KRTCAP3)主要调节角蛋白表达进而影响机体皮肤、指甲和毛发的生长发育。为了解KRTCAP3基因在’南甘’杂交绵羊(Ovis aries)群体中的遗传变异及其与产毛和生长性状之间的关系,本研究以南非肉用美利奴(Ovis aries)(♂)×甘肃高山细毛羊(♀)(’南甘’)及南非肉用美利奴(♂)×’南甘’(♀)(’南南甘’)杂种羊为研究对象,采用DNA混合池测序结合SNPscanTM高通量SNP分型技术对KRTCAP3的基因全长进行SNP扫描,同时分析SNP位点与杂种羊产毛和生长性状的相关性。结果表明,在KRTCAP3基因第2内含子上发现1个g.34287851C>G的SNP位点,鉴定到CC、CG和GG 3种基因型,其基因型频率分别为0.35、0.52和0.13,C和G等位基因频率分别为0.61和0.39。遗传参数分析发现,杂合度(heterozygosity, He)、纯合度(homozygosity, Ho)、有效等位基因数(effective number of alleles, Ne)和多态信息含量(polymorphic information content, PIC)分别为0.47、0.53、1.90和0.36,属于中度多态(0.25<PIC<0.50)。χ~2适合性检验表明,该SNP在研究群体中不处于HardyWeinberg平衡状态(P<0.05)。SNP与毛用性状的关联分析发现,该SNP位点与肩部和体侧毛长、股部和背部毛长、羊毛卷曲度和卷曲回复率相关(P<0.05或P<0.01);SNP与生长性状的关联分析发现,该位点与管围和胸围性状相关(P<0.05或P<0.01)。综上,KRTCAP3基因g.34287851C>G位点可作为分子标记辅助选育的候选分子标记,在细毛羊品种选育和培育肉毛兼用新品种中利用,加快育种进程。