【摘 要】
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Ipomoea littoralis是甘薯的近缘野生种之一,对其全基因组的研究可为甘薯种质资源的创新提供参考,同时为全基因组精细图谱的绘制打下基础。本研究通过二代高通量测序技术(Ill
【机 构】
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海南大学园艺学院,江苏俆淮地区徐州农业科学研究所
【基金项目】
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国家甘薯产业技术体系资源评价岗项目(No.CARS-10-B1-2017);国家自然科学基金项目(No.31461143017);海南省重点研发计划项目(No.ZDYF2019030)
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Ipomoea littoralis是甘薯的近缘野生种之一,对其全基因组的研究可为甘薯种质资源的创新提供参考,同时为全基因组精细图谱的绘制打下基础。本研究通过二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2500),测序深度约为60,经过滤后得到22.45 G数据,结合生物信息学手段估算基因组大小、杂合率、重复序列和GC含量等基因组特征。预估基因组大小经修正后为676.27 Mb。K-mer分析结果得出I.littoralis基因组中重复序列所占比率为60.98%,杂合率为0.81%;初步组装结果,c
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