清代公文起初沿用明制公题私奏的文书制度，此后为了进一步密切君臣之间的关系，历经康、雍、乾三朝，逐渐形成了由官员直接向皇帝奏报的奏折制度。奏折是清代所特有的一种上行文书，奏折的使用约始于康熙中叶，最初仅限于皇帝指定的少数亲信官员使用。雍正帝即位后，进一步扩大了使用奏折的范围，除了康熙时期有奏事权的各地方的将军、督抚、提督和中央的大学士、尚书等人外，一些翰林、科道甚至地方上低微之员，也都允许用奏折奏事。
　　康熙时期平定三藩之乱后，清朝逐渐走向统一。康熙帝吸取前朝教训，为了进一步加强专制统治，从康熙中叶起，当发生紧急或敏感事件时，官员们可以书写奏折向皇帝密报，比如向皇帝上奏如军备、军务、检举贪腐渎职等这些最为敏感的信息，以及需要尽快让皇帝了解的天气、粮食收成、自然灾害、粮价之类的信息。直到乾隆时期，奏折正式成为国家政务文书之一，并一直沿用至光绪、宣统时期。
　　奏折必须由大臣亲手书写，在京各衙的奏折，送至紫禁城内景运门九卿房外的奏事处，由奏事太监接收;各省督、抚等官员的奏折，经驿站送至兵部捷报处接收，再由兵部捷报处送至奏事处，奏事太监将奏折进呈皇帝，皇帝进行朱批，称为“朱批奏折”。雍正七年下令实行副本制度，即凡朱批过的奏折，都要由军机处誊录一份备查，称为“录副奏折”。朱批奏折返还给各官员后，官员须定期将奏折缴回宫内懋勤殿储存，不得私自存放，因此有“宫中档”之名。
　　奏折有很多种类，以书写文字为依据，可以将奏折分为汉字折、满字折和满汉合璧折;依据奏折用纸可分为黄绫折、白绫折、素纸折和黄纸折;依据功用可分为请安折、谢恩折、奏事折和密折。大臣们在书写时也要遵循一系列制度规范。一则完整的朱批奏折要包括首称、正文、末称、押署、朱批等。首称格式一般是“某官某人跪奏、谨奏：为遵例奏报某事，仰祈圣鉴事”，比如“陕甘总督臣勒尔谨跪奏，为遵例奏报民数、谷数，仰祈圣鉴事”;末称格式一般是“恭呈御览，伏祈皇上睿鉴。谨奏”，押署为年月日。
　　此外，还要遵循抬头制度和避讳制度。抬头制度起源于秦代，主要指大臣在书寫文书时，凡遇到皇帝以及特定的尊贵字样，不得紧接前文，须另起一行或空一格书写，以示尊敬，到了清代，抬头制度发展至登峰造极的地步，抬写方式五花八门，提及同级、上级官署或长官时用平抬;书写“朝廷、国朝、奏”等字样时用单抬;书写“圣鉴、圣训、圣天子、圣主、盛世”等用双抬，此外还有三抬、四抬等，十分繁复。
　　我国档案文献历史悠久，有古老的甲骨档案、铭文档案、简帛档案等，但留存至今的却微乎其微，目前得以比较完整地保存下来的主要是明清档案，特别是清宫档案，而奏折作为清代档案的重要组成部分，是我们了解和研究清代社会政治、经济等各方面的重要文献。目前，现存奏折主要存藏于中国第一历史档案馆、台北“故宫博物院”和日本东洋文库。第一历史档案馆藏满、汉文朱批奏折六十万余件，台北“故宫博物院”藏有宫中档奏折十五万余件、军机处档折件十九万余件，日本东洋文库收藏的一批清代满文档案中也有谕旨、奏折等，已编目的有数百件，未编目的还有很多。
　　奏折是官员直接向皇帝汇报政务的文书，这一属性使得奏折与其他史籍相比，具有特殊的可靠性和真实性，可以补史料记载之缺。但另一方面，由于上奏的对象是皇帝，也不乏官员在奏报时多有讳饰、溢美之词，所以，我们在利用奏折这类史料时，要与相关人物的信件、文集、史书、地方志等结合起来，相互印证。明清档案、甲骨文、敦煌吐鲁番文书虽然被称为二十世纪发现的新史料，但并不应将其与官修正史相对立。正如赵世瑜先生所说，“一切史料都有价值，也都有局限性”，因此研究者也需辩证地看待奏折所记载的内容。