为探究健康斑点叉尾鮰肠道及其与养殖池塘水体中菌群结构的关系，采用16S rDNA高通量测序方法和生物信息学分析手段考察其肠道和养殖水体中微生物群落组成和多样性。多样性指数分析结果表明，斑点叉尾鮰肠道菌群丰度和菌群多样性均较养殖水体低；斑点叉尾鮰肠道中有69.57%的运算分类单元与水体中运算分类单元一致，水体中优势菌群主要为变形菌门、放线菌门和蓝藻门，而肠道中的优势菌群为拟杆菌门、梭杆菌门和厚壁菌门，说明肠道和养殖水体中的优势微生物种群的组成和丰度无明显的相关性，肠道中菌群组成有其一定的独立性，其优势菌群结构几乎不受养殖环境菌群的影响。PICRUSt预测细菌表型发现，斑点叉尾鮰肠道中以厌氧菌和革兰氏阳性菌为主，以及从生物膜形成和致病潜力表型可知，肠道和水环境中都存在大量条件致病菌。研究结果表明，池塘养殖健康斑点叉尾鮰肠道微生物中的优势益生菌主要为鲸杆菌属和拟杆菌属，平均相对丰度高达36.60%和15.82%。本研究将为斑点叉尾鮰的健康养殖和益生菌的筛选提供理论依据。