【摘 要】
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对比序列模式在识别不同类别序列样本集合的特征上有着重要的作用.已有对比序列模式挖掘算法需要用户预设间隔约束.在不具备充分先验知识情况下,用户不易准确地预设恰当的间
【机 构】
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四川大学计算机学院,四川大学华西公共卫生学院,武汉大学软件工程国家重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金（61103042）、教育部高等学校博士学科点专项科研基金（20100181120029）、软件工程国家重点实验室开放研究基金（SKLSE2012-09-32）和中国博士后科学基金（2014M552371）资助.
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对比序列模式在识别不同类别序列样本集合的特征上有着重要的作用.已有对比序列模式挖掘算法需要用户预设间隔约束.在不具备充分先验知识情况下,用户不易准确地预设恰当的间隔约束,进而导致不能发现有用的模式.对此,文中设计了带紧凑间隔约束的最小对比序列模式挖掘算法,实现免预设间隔约束,并对候选模式自动计算最适合的间隔约束.此外,设计了3种剪枝策略来提高算法的执行效率.通过蛋白质序列、DNA序列、行为序列数据集验证了提出的算法的有效性和高效率.
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