目的 了解北京市3～7岁学龄前儿童营养不良和超重肥胖率的变化情况，评价城乡儿童生长发育趋势差异。方法 数据来源于北京市2000—2020年间5次国民体质监测，共计纳入31 117名3～6岁儿童，计算生长发育指标，采用χ~2检验和Cochran-Armitage趋势检验进行分析。结果 2000—2020年北京市学龄前儿童生长迟缓、低体重、消瘦率分别从1.5%、1.4%、0.9%下降到0.6%、0.6%、0.8%,超重率、肥胖率从17.1%、4.8%上升到20.1%、9.6%。2020年城乡男女童生长迟缓率和低体重率均低于1%,2010年后农村男女童肥胖率超过城市男女童，2014年后农村男女童超重率超过城市男女童。趋势检验显示2000—2020年农村儿童营养不良率下降（生长迟缓、低体重P＜0.001）,超重、肥胖率上升（P＜0.001）;城市女童呈两极化趋势，消瘦率上升（Z=2.426,P=0.015）,肥胖率也呈上升趋势（Z=3.405,P=0.001）。结论 农村学龄前儿童营养不良率下降，超重肥胖率持续增高反超城市儿童，需要有效的营养政策和健康战略应对儿童生长发育的城乡不平衡问题。