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肠道病毒71型（Enterovirus71，简称EV71）和柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16，简称CA16）是引起手足口病的两种主要的病原体，常相伴造成手足口病的暴发流行，每次流行中两种病毒中所占的比例有所不同。EV71感染引起HFMD常有严重的神经系统并发症发生，CA16感染引起自限性的手足13病，极少发生严重并发症和死亡。