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为实现双探针原子力显微镜的探针对准，用探针A对探针B的成像进行了深入的研究。首先对音叉探针进行有限元仿真，分析探针的机械特性。其次用锁相放大器获取探针的幅度和频率信号，让探针接近样品（硅片）以获得系统的分辨率。最后在YOZ平面用探针A对探针B扫描成像，逐步缩小扫描范围并同时减小扫描步进。实验表明，探针的分辨率优于1nm，双探针对准精度可达5nm。