【摘 要】
：
新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)是最新发现的一种可侵染人体的β属冠状病毒,该病毒入侵机体可引发新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19),该疫情的暴发在国内甚至国际上造成了严重影响.核衣壳蛋白(Nucleocapsid phosphoprotein,Np)相较于病毒编码的其它三种结构蛋白保守性更强,在病原诊断、疫苗设计和治疗等方面占据重要地位.预测Wuhan-Hu
【机 构】
：
南京师范大学 生命科学学院,南京210046
论文部分内容阅读
新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)是最新发现的一种可侵染人体的β属冠状病毒,该病毒入侵机体可引发新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19),该疫情的暴发在国内甚至国际上造成了严重影响.核衣壳蛋白(Nucleocapsid phosphoprotein,Np)相较于病毒编码的其它三种结构蛋白保守性更强,在病原诊断、疫苗设计和治疗等方面占据重要地位.预测Wuhan-Hu-1 Np的空间结构及其B细胞抗原表位,为开发SARS-CoV-2的表位疫苗和相关单抗奠定基础.采用MEGA5.05中的Neighbor-joining法构建基于SARS-CoV-2 Np的碱基序列的系统发生树;以SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1株为研究对象,其柔性区段、亲水性指数、抗原指数和蛋白质表面可能性等参数由DNAStar软件中的Protean模块进行分析预测,结合Phyre2在线工具模拟的空间结构,综合预测Wuhan-Hu-1 Np的B细胞优势抗原表位.结果发现:不同地区SARS-CoV-2 Np的碱基序列高度相似(99.6％-100％),Wuhan-Hu-1 Np氨基酸序列长419 aa,其空间构型相对规则,仅含少量α-螺旋而多见β-折叠、β-转角和无规则卷曲结构;多参数综合分析结果指示,可能的B细胞抗原表位位于52～59、69～75、83～89、106～115、119～124、130～136、154～166、217～227、243～249、267～273、299～315、333～339、347～363、379～385、389～401、403～411氨基酸区段.本研究旨在为开发SARS-CoV-2表位疫苗、快速诊断试剂、单克隆抗体等提供理论信息,为医治COVID-19给予一些新策略.
其他文献
非结构性碳水化合物(NSC)是凋落物中的易分解组分,在凋落物分解早期快速释放进入土壤并被微生物利用,参与森林土壤生物地球化学循环,因此新鲜凋落物中NSC变化规律是认识森林土壤碳和养分循环的关键之一.选取亚热带常绿阔叶林优势树种米槠(Castanopsis carlesii)和主要造林树种杉木(Cunninghiamia lanceolata)、马尾松(Pinus massoniana)为研究对象,分析其新鲜凋落叶和凋落枝中NSC(可溶性糖和淀粉)含量的动态变化规律.结果表明:凋落物中NSC含量在不同月份表
浅沟侵蚀是黄土高原重要的侵蚀类型之一,在区域尺度回答浅沟空间分布特征是浅沟治理的关键.基于系统抽样方法在黄土高原选取137个调查单元,综合运用亚米级影像目视解译方法和GNSS RTK野外高精度实测,并通过GIS空间分析方法,获取浅沟(特指瓦背状地形底部,下同)长度、密度、临界坡长、所在坡面土地利用等信息,阐明了目前黄土高原浅沟空间分布,分析了仍分布在耕地上的浅沟空间格局.结果表明:(1)基于亚米级影像目视解译的浅沟调查方法与野外实测方法得到的浅沟长度无显著性差异,前者可以用于区域尺度浅沟的快速调查;(2)
随着交叉学科的发展和技术手段的进步,将河流及其周边生态环境视为整体的理念和研究逐渐受到重视,然而国内对河流生态廊道的研究较少.总结了河流生态廊道的基础理论和提取方法.河流生态廊道可以依据区域规划、通过实地观测等手段直接提取,也可以采用“源地识别-阻力面构建-廊道提取”的框架间接提取.对直接和间接提取方法进行了详细的总结并分析了他们的优势和劣势,发现间接提取方法更具实践意义,且应用的流域面积更大.根据间接提取方式的特点,提出白洋淀-大清河流域河流生态廊道提取的思路.结合区域流域协同治理理念,逐步形成以白洋淀
唇形科鼠尾草属是世界性分布、物种多样性丰富的大类群,具有独特的传粉模式和多样化的生态类型及繁殖策略,以往对鼠尾草属的花结构和雄蕊杠杆的生态功能、雄蕊杠杆机制对传粉者空间变异的进化响应和表型选择等方面已有较深入的研究,但至今对分布于不同区系代表性物种的传粉者组成、访花行为和繁育系统特征仍知之甚少.对分布于喜马拉雅东段至横断山高海拔地区栗色鼠尾草的传粉生态、交配系统和繁殖特性进行了研究,分析了 2014年至2016年的年际间、2014年晴天和阴雨天的传粉者组成和传粉行为变化,探讨了这些变化对繁殖成功的影响.研
近十年来,随着我国粤港澳大湾区的建设,珠江流域人口增长十分迅速,食品和能源需求急剧增加,导致流域上游省份农业用地面积增加,下游省份城市化进程加速,随之导致含农业化肥的农田灌溉用水和生活污水排放大幅度增加.流域的面源污染物进入珠江河口,导致河口海域赤潮发生频率明显增高.此外,全球变暖加剧了南海和西太台风等极端天气事件的发生频率,大量的台风在珠江口附近登陆,对人类活动产生的营养盐在海水中再分布产生较大影响.现场及卫星观测表明,台风等极端天气影响浮游植物时空分布的4个主要影响因子为:海水的垂直混合、流域的降水增
构建生态安全格局是缓解生态保护与经济发展之间的突出矛盾,保障可持续发展的有效空间途径.但目前生态安全格局的构建过于强调综合,简单叠加多种生态系统服务的方法忽视了不同服务间的权衡与协同关系,难以直接支撑不同目标下的生态保护决策.以广东省为例,重点关注生境维持、水源涵养、水质净化、粮食生产、土壤保持、洪水调节、沿海灾害缓解七种重要的生态系统服务,面向生物多样性保育、水资源利用、粮食生产、自然灾害防范等单一生态保护目标分别构建生态安全格局.研究结果表明,面向生物多样性保育目标的生态安全格局呈“双屏障带”式分布,
基因组注释是识别出基因组序列中功能组件的过程,其可以直接对序列赋予生物学意义,由此方便研究者探究和分析基因组功能.基因组注释可以帮助研究从三个层次上理解基因组,一种是在核苷酸水平的注释,主要确定DNA序列中基因、RNA、重复序列等组件的物理位置,包括转录起始,翻译起始,外显子边界等具体位置信息.同时可以注释得到变异在不同人群中的变异频率差异,这是解读不同人群表型差异的图谱基础.第二种是蛋白水平的注释,主要解读基因或变异的可能功能异常,评估变异所在基因位置、变异类型等对蛋白质改变的影响.第三种是生物学功能/
绿色基础设施格局对于城市环境的改善、经济社会的发展、城市形象的提升等有着重要的作用.以合肥市域为研究范围,基于形态学空间格局分析法(MSPA)提取UGI要素与生态源地,使用夜间灯光数据与坡度数据校正InVEST模型中生境质量模块生成的阻力面,进而结合电路理论运用Circuitscape软件与Linkage Mapper工具模拟构建UGI网络并识别生态走廊中的关键节点,最后基于斑块、廊道、障碍点的空间特征,提出合肥市城市绿色基础设施网络格局的优化策略.结果表明:(1)合肥市UGI网络由120个生态源地斑块、
目前新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情仍在全球肆虐,但尚无针对该病毒的治疗特效药.在此背景,以美国化学文摘社(Chemical Abstracts Service,CAS)提供的SARS-CoV-2病毒及宿主蛋白靶标为研究对象,运用基因功能富集、蛋白网络等方法进行生物信息分析.结果发现,人网格蛋白介导型内吞和依赖型内吞是病毒进入宿主细胞的重要途径;病毒ORF6(Open Reading Frame,ORF)蛋白可影响细胞内核定位信号(Nuclear Localization Signal,NLS)介
由于耐药性的存在,不同患者在使用相同药物时会导致治疗效果的差异.因此识别耐药性相关的关键生物学标记,有助于临床医生快速选择出适合的药物,延长患者的生存时间,对药物研发以及药物的作用机制的详细研究具有重要意义.首先在食管癌细胞系中筛选不同药物的耐药及敏感细胞系,从中找到不同药物耐药相关的基因,将这些计算得到的耐药相关基因注释到我们构建的转录调控网络内,这一转录调控网络内的调控关系均为实验证实的,而且经过了真实的食管癌数据进行了进一步过滤,从网络内识别出药物耐药相关的模块及关键的调控子.识别了13种药物的耐药