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通过GeaBaak中230Mb水稻序列的对比分析，新鉴定的水稻Rim2因子家族编码亚组和假基因亚组不均匀地分布于12条染色体上，以着丝点区域分布频率为最高。由基因内缺失和插入使得Rim2因子序列多变，结合其众多的拷贝数尝试将其开发为一新的分子指纹。以水稻（Oryza sativa ssp．indica）品种R963及其育种亲缘材料为测试样本，尽管材料间可能存在极其相近的遗传背景，利用Rim2因子设计的5个引物，还是检测出材料间DNA水平的差异。采用同样引物，对2份杂交籼稻（O．sativa ssp．iad