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喹诺酮类抗生素具有抗菌谱广，口服吸收好，组织浓度高及不良反应少等优点，广泛用于革兰阴性菌所致感染的治疗，如消化道感染，泌尿道感染及软组织感染等。第三代、第四代喹诺酮类的临床应用扩大了抗菌谱，不仅对革兰阴性细菌治疗有效，而且对多数革兰阳性菌也有疗效，并可以抑制非发酵菌和非典型病原体的生长繁殖，故而在许多呼吸道感染性疾病的治疗中，喹诺酮类的应用也多了起来。然而，正是喹诺酮类抗生素的应用越来越广泛，其不良反应也越来越多地显现出来，目前已知有10种值得关注的不良反应。
胃肠道反应
喹诺酮类抗生素不良反应中以胃肠道反应最为常见。大约有3%～5%的患者可在服用该类药后出现食欲不振、上腹部隐痛、恶心、呕吐、腹泻、便秘等消化道症状。以环丙沙星最突出，其次为诺氟沙星、氟罗沙星、氧氟沙星等，其发生机制与药物对消化道的直接刺激有关，一般在停药后可自行恢复。所以，患者应注意将服药时间放在就餐之前，服完药后及时进餐，这样可以减轻药物对胃肠道的刺激，避免发生胃肠道反应。
中枢神经系统不良反应
这是喹诺酮类抗生素又一常见不良反应，在大剂量时易引起这类不良反应。一般表现为头晕、头痛、耳鸣、失眠、恶梦疲倦、乏力、神经过敏、步态不稳等：严重时可出现神经精神症状，如兴奋、谵妄、恐惧、焦虑、抑郁、烦躁、幻视、幻听、行为紊乱等症状：严重者可引起颅内压升高、震颤、抽搐、癫痫、惊厥等表现。因此，患者务必要严格遵医嘱用药，莫要随意增加剂量，以防止和减轻中枢神经系统不良反应。
肝损害反应
喹诺酮类抗生素引起肝损害的病例也时报道，特别是在大剂量，静脉给药时易产生肝毒性反应，表现为乏力、食欲减退、厌食、厌油、腹胀等症状，实验室检查可见血清转氨酶及血清胆红素水平升高。偶尔可致药物性肝炎，胆汁淤积、肝坏死及肝衰竭的发生，莫西沙星、曲伐沙星便是由于严重肝损害反应而被退市的。为此，在喹诺酮类静脉给药期间一定要控制好用药剂量，避免剂量过大。
肾损害反应
喹诺酮类抗生素可致肾损害的药物主要是诺氟沙星、氧氟沙星和环丙沙星。少数患者服用这些药物后会出现不同程度的肾损害，多为急性过敏性间质性。肾炎，偶尔引起。肾小管坏死，主要表现为眼睑、面部或脚踝部的水肿、伴有血压升高或尿量减少，实验室检查可见蛋白尿、血尿、结晶尿等，严重时可致急性肾功能衰竭的发生。因此，对老年患者、肾脏疾病患者及合并肾功能损害的患者应谨慎使用诺氟沙星、氧氟沙星和环丙沙星等喹诺酮类药物。
过敏反应
极个别患者可能会对喹诺酮类药物过敏，出现皮疹、药物热、荨麻疹等过敏反应。与其他抗生素相比，喹诺酮类所致过敏反应的发生率低，且不会引起过敏性休克。因此，当患者在服用喹诺酮类药物后出现皮疹、发热伴瘙痒时，应及时考虑过敏反应的可能，立即停药，适当服用抗过敏药物如西替利嗪或苯海拉明等，以减轻过敏反应。如果瘙痒严重，可选用皮炎平外涂，以达止痒目的。患者今后要避免服用该类药物。
心脏毒性反应
临床关于喹诺酮类药物引起心脏毒性反应的报道较多，主要是在心电图上出现Q-T间期延长现象，可能是因用药剂量过大，造成心肌细胞钾通道阻滞之故。另外，因司帕沙星具有引起多形性室性心动过速、尖端扭转室性心动过速等严重心律失常的风险，故被部分专家认为不宜用于临床。莫西沙星也因其可引起正在使用洋地黄或安装起搏器的冠心病人发生低血钾、病态窦房结综合征等心脏毒性反应而被提出了警告。近年，还出现了左氧氟沙星和加替沙星后诱发尖端扭转室性心动过速的病例报道，值得警惕。
光毒性反应
个别患者服用喹诺酮类药物期间可能会出现光毒性反应，克林沙星正是由于严重的光毒性和低血糖而被终止上市的。光毒性反应为表现，经强光照射后，其暴露的皮肤区域出现红斑、丘疹，脱屑和小水疱，严重者形成大疱或湿疹样皮疹，甚至会发展到非照射部位，引起同样的皮肤损伤。因此，服用喹诺酮类药物期间，患者要加强自我防护，阳光照射强的日子里外出时要穿上长袖衣裤，以尽量减少暴露部位：或者带上遮阳伞，以尽量避免阳光直射，预防光毒性反应的发生。
软骨毒性
研究结果表明，喹诺酮类药物可能会对胎儿产生软骨毒性，阻止胎儿骨的生长发育。年幼的儿童服用喹诺酮类药物也可能会产生软骨毒性，导致儿童出现关节酸痛、并引起软骨基质疏松及力学强度下降，使得软骨易损伤，并阻碍儿童生长发育，影响长个，因此，儿童要慎用喹诺酮类药物，特别是氟喹诺酮类药物不得用于儿童，为此，国家药品监管部门下达了对诺氟沙星“18岁以下禁止服用”的禁令。
对糖代谢的影响
2007年，国家食品药品监督管理局发布《药品不良反应信息通报》，提醒公众警惕加替沙星引起的血糖异常。目前认为加替沙星可影响胰岛素的分泌，导致严重低血糖或高血糖，甚至可致患者死亡。所以，许多国家已将其退出市场。另外，也有关于克林沙星和左氧氟沙星引起糖代谢紊乱的病例报道，值得关注。
其他不良反应
目前还有关于诺氟沙星使白细胞减少，乳酸环丙沙星导致菌群紊乱、溢乳，诺氟沙星引起口腔溃疡，培氟沙星和环丙沙星引起肌腱病变的报道，需要对此提高警惕。
胃肠道反应
喹诺酮类抗生素不良反应中以胃肠道反应最为常见。大约有3%～5%的患者可在服用该类药后出现食欲不振、上腹部隐痛、恶心、呕吐、腹泻、便秘等消化道症状。以环丙沙星最突出，其次为诺氟沙星、氟罗沙星、氧氟沙星等，其发生机制与药物对消化道的直接刺激有关，一般在停药后可自行恢复。所以，患者应注意将服药时间放在就餐之前，服完药后及时进餐，这样可以减轻药物对胃肠道的刺激，避免发生胃肠道反应。
中枢神经系统不良反应
这是喹诺酮类抗生素又一常见不良反应，在大剂量时易引起这类不良反应。一般表现为头晕、头痛、耳鸣、失眠、恶梦疲倦、乏力、神经过敏、步态不稳等：严重时可出现神经精神症状，如兴奋、谵妄、恐惧、焦虑、抑郁、烦躁、幻视、幻听、行为紊乱等症状：严重者可引起颅内压升高、震颤、抽搐、癫痫、惊厥等表现。因此，患者务必要严格遵医嘱用药，莫要随意增加剂量，以防止和减轻中枢神经系统不良反应。
肝损害反应
喹诺酮类抗生素引起肝损害的病例也时报道，特别是在大剂量，静脉给药时易产生肝毒性反应，表现为乏力、食欲减退、厌食、厌油、腹胀等症状，实验室检查可见血清转氨酶及血清胆红素水平升高。偶尔可致药物性肝炎，胆汁淤积、肝坏死及肝衰竭的发生，莫西沙星、曲伐沙星便是由于严重肝损害反应而被退市的。为此，在喹诺酮类静脉给药期间一定要控制好用药剂量，避免剂量过大。
肾损害反应
喹诺酮类抗生素可致肾损害的药物主要是诺氟沙星、氧氟沙星和环丙沙星。少数患者服用这些药物后会出现不同程度的肾损害，多为急性过敏性间质性。肾炎，偶尔引起。肾小管坏死，主要表现为眼睑、面部或脚踝部的水肿、伴有血压升高或尿量减少，实验室检查可见蛋白尿、血尿、结晶尿等，严重时可致急性肾功能衰竭的发生。因此，对老年患者、肾脏疾病患者及合并肾功能损害的患者应谨慎使用诺氟沙星、氧氟沙星和环丙沙星等喹诺酮类药物。
过敏反应
极个别患者可能会对喹诺酮类药物过敏，出现皮疹、药物热、荨麻疹等过敏反应。与其他抗生素相比，喹诺酮类所致过敏反应的发生率低，且不会引起过敏性休克。因此，当患者在服用喹诺酮类药物后出现皮疹、发热伴瘙痒时，应及时考虑过敏反应的可能，立即停药，适当服用抗过敏药物如西替利嗪或苯海拉明等，以减轻过敏反应。如果瘙痒严重，可选用皮炎平外涂，以达止痒目的。患者今后要避免服用该类药物。
心脏毒性反应
临床关于喹诺酮类药物引起心脏毒性反应的报道较多，主要是在心电图上出现Q-T间期延长现象，可能是因用药剂量过大，造成心肌细胞钾通道阻滞之故。另外，因司帕沙星具有引起多形性室性心动过速、尖端扭转室性心动过速等严重心律失常的风险，故被部分专家认为不宜用于临床。莫西沙星也因其可引起正在使用洋地黄或安装起搏器的冠心病人发生低血钾、病态窦房结综合征等心脏毒性反应而被提出了警告。近年，还出现了左氧氟沙星和加替沙星后诱发尖端扭转室性心动过速的病例报道，值得警惕。
光毒性反应
个别患者服用喹诺酮类药物期间可能会出现光毒性反应，克林沙星正是由于严重的光毒性和低血糖而被终止上市的。光毒性反应为表现，经强光照射后，其暴露的皮肤区域出现红斑、丘疹，脱屑和小水疱，严重者形成大疱或湿疹样皮疹，甚至会发展到非照射部位，引起同样的皮肤损伤。因此，服用喹诺酮类药物期间，患者要加强自我防护，阳光照射强的日子里外出时要穿上长袖衣裤，以尽量减少暴露部位：或者带上遮阳伞，以尽量避免阳光直射，预防光毒性反应的发生。
软骨毒性
研究结果表明，喹诺酮类药物可能会对胎儿产生软骨毒性，阻止胎儿骨的生长发育。年幼的儿童服用喹诺酮类药物也可能会产生软骨毒性，导致儿童出现关节酸痛、并引起软骨基质疏松及力学强度下降，使得软骨易损伤，并阻碍儿童生长发育，影响长个，因此，儿童要慎用喹诺酮类药物，特别是氟喹诺酮类药物不得用于儿童，为此，国家药品监管部门下达了对诺氟沙星“18岁以下禁止服用”的禁令。
对糖代谢的影响
2007年，国家食品药品监督管理局发布《药品不良反应信息通报》，提醒公众警惕加替沙星引起的血糖异常。目前认为加替沙星可影响胰岛素的分泌，导致严重低血糖或高血糖，甚至可致患者死亡。所以，许多国家已将其退出市场。另外，也有关于克林沙星和左氧氟沙星引起糖代谢紊乱的病例报道，值得关注。
其他不良反应
目前还有关于诺氟沙星使白细胞减少，乳酸环丙沙星导致菌群紊乱、溢乳，诺氟沙星引起口腔溃疡，培氟沙星和环丙沙星引起肌腱病变的报道，需要对此提高警惕。