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贵州黑山羊是贵州第二大山羊品种，是喀斯特地区生态系统重要的组成部分。利用分子生物学技术构建黑山羊与贵州地方山羊品种进化树，结果发现了部分与黑山羊繁殖和生长的相关功能基因，如FSHR、LH8、GDF9、MSTN、POU1F1、GF11B等。针对贵州黑山羊与其他地方山羊品种的遗传关系，对FSHR、LHβ、GDF9、MSTN、POU1F1、GF11B基因多态性研究现状与进展进行论述，并对其品种资源的分子特性可研究领域进行了展望。