目的对我国百日咳疫苗生产用菌株主要抗原片段基因进行序列分析,为我国百日咳疫苗的研制和质量控制提供依据。方法分别从我国百日咳杆菌疫苗生产用菌株CS株基因组DNA中扩增百日咳毒素(Pertussis toxin,PT)、外膜蛋白(Pertactin,PRN)、菌毛蛋白2(Fimbriae 2,FIM2)、菌毛蛋白3(Fimbriae 3,FIM3)基因,克隆至pMD18-T载体,测序,并与GenBank中登录的百日咳杆菌其他菌株的PT、PRN、FIM2、FIM3基因序列进行比较,构建系统进化树。结果百日咳杆菌CS株PT、PRN、FIM2和FIM3基因的扩增产物大小均与预期一致。CS株PT基因与国内的另一疫苗生产株18323亲缘关系最近,在同一分支上,且与国际标准株Tohama在同一亚分支内;PRN、FIM2和FIM3基因与国际标准株Tohama均在同一进化分支上。结论百日咳杆菌CS株与国际标准菌株Tohama亲缘关系较近,与临床分离的其他流行株亲缘关系较远。