【摘 要】
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目的 采用生物信息学工具分析心肌梗死(MI)后心力衰竭(HF)大鼠外周血单个核细胞基因组学特征.方法 在GEO公共数据库中选取假手术组(Sham组)和左冠状动脉结扎诱导MI后的HF组大鼠基因芯片,通过GEO2R在线分析工具筛选两组差异基因,并对差异基因进行GO功能富集分析、KEGG Pathway富集分析及蛋白相互作用分析.结果 基因芯片共有29 214个基因,其中表达上调(logFC＞0)的基因259个,表达下调(logFC＜0)的基因216个,差异有统计学意义(P＜0.05).在其中筛选出表达上调、下
【机 构】
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郑州大学第一附属医院心血管内科,河南郑州 450052
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目的 采用生物信息学工具分析心肌梗死(MI)后心力衰竭(HF)大鼠外周血单个核细胞基因组学特征.方法 在GEO公共数据库中选取假手术组(Sham组)和左冠状动脉结扎诱导MI后的HF组大鼠基因芯片,通过GEO2R在线分析工具筛选两组差异基因,并对差异基因进行GO功能富集分析、KEGG Pathway富集分析及蛋白相互作用分析.结果 基因芯片共有29 214个基因,其中表达上调(logFC＞0)的基因259个,表达下调(logFC＜0)的基因216个,差异有统计学意义(P＜0.05).在其中筛选出表达上调、下调最显著的基因各50个(共计100个基因)进一步分析.GO功能富集分析结果显示,100个差异基因主要在细胞膜、细胞内膜系统、细胞核、细胞外空间等成分中,具有调控蛋白质结合、转运蛋白活性等分子功能,涉及细胞应激、免疫、通信、代谢、凋亡等生物过程.KEGG Pathway富集分析结果显示,100个差异基因主要参与了免疫信号通路、细胞自噬等细胞信号转导过程.STRING分析结果显示,免疫过程相关分子(KLRC1、KLRC2、KLRD1 等)、趋化因子家族(CCR6、CXCR6等)、调节细胞周期、遗传物质修复(PTTG1、CDKN3,TOP2A等)多个分子在相互作用网络中处于关键节点.Cytoscape的MCODE分析显示,KLRC1、KLRC2、KLRD1等与免疫过程相关的分子在大鼠MI后HF的发展过程中发挥了核心作用.结论 MI后HF的发生发展是一个综合性过程,细胞应激、免疫、通信、代谢、凋亡等生物过程,细胞免疫信号通路,细胞自噬的启动参与其中,而免疫过程处于核心地位,这可能为今后寻找药物治疗新靶点提供参考.
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