2010年初的西南大旱凸显出西部地区水资源利用效率低下的现状。从分析西部12个省会城市入手,采用地区生产总值、固定资产投资总额、用水总量、用水人口等作为投入产出指标,首先运用数据包络分析法对西部12个省会城市2008—2009年的水资源利用效率进行分析和评价,然后运用Malmquist指数方法对2000—2009年西部11个省会城市(拉萨市暂未列入)的序列数据进行了分析。研究结果表明:(1)西部地区整体水资源利用效率低下且呈衰退之势,2000—2009年的TFP指数为0.955。(2)2008—2009年,重庆、西宁、乌鲁木齐和呼和浩特这4个城市达到了DEA有效,其它城市应参考这4个城市进行调整。成都、昆明、西安、兰州、银川和南宁市的生产规模过大,限制了水资源利用效率的提高。重庆、西宁、乌鲁木齐和呼和浩特这4个城市的生产规模应该保持稳定。贵阳和拉萨市应该加大生产规模。(3)科技是制约西部地区水资源利用效率的主要因素。提高水资源利用效率首先应该加大科技投入,优化产业结构;同时西部地区还应该加大水资源合理利用的宣传力度。