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植物外源基因转化研究揭示有相当比例的植物转基因表现失活与沉默。这一现象涉及转基因重复拷贝之间的异源配对，基因顺序的甲基化，转录后的衰退调控以及插入位点染色质高级结构的改变，并与外源基因的随机整合有关。克服转基因失活的方法包括单拷贝转基因子代筛选，构建细胞核基质支架附着区载体以及采用具有特殊功能的启动子与增强子。转基因失活问题的发生提示人们，外源基因的转化与整合存在一些特有的遗传机制。