问题从1984年开始变得复杂。农村改革开始与城市利益息息相关。这一年，农研室提出改革粮食统销统购制度——1953年建立这一体制，是为了低价收购粮食，以支撑工业建设。
　　当杜润生和时任国务院副总理姚依林谈起这一设想时，姚依林对他说：“老杜啊，让农民做点额外贡献，这种体制恐怕得维持下去。”杜润生说，“做贡献我不反对，但应贡献到明处。5%的土地税可提一两个百分点，其他都平等交换，以有利于激励生产。”姚依林说，“时机成熟可以这样搞。”
　　这一年大丰收带来粮食卖难、存难、运难，刚好是个契机。他们着手改革统购统销制度，取而代之的是合同收购和市场收购。这形成了1985年的一号文件主要内容。可1985年粮食出现大减产，随之而来的是粮价上涨、抢购恐慌，以及激烈的干群冲突。
　　事后看来，杜润生认为“大减产”另有原因，简要归纳有三：一是连年丰收的农民发展多种经营，转移了投入方向；二是政府对大丰收准备不足，采取了购粮“打白条”和拒购行为；三是改革统销统购制度时，合同制的细节不够科学，不能鼓励农民继续生产——在当时，这成了一些人否定农研室的证据。
　　这些人窃窃私语，说包产到户走到了尽头。赵树凯观察到，从上层到外界对于九号院有了质疑，甚至是激烈批评；农村改革研究陷入了某种僵局，九号院似乎有找不到北的感觉。“在餐厅吃饭，或者在班车上，聊起下一步的改革，明显感到改革着力点不甚清晰。”
　　五号文件果然成了终结，之后两年就没有像前几年那样的指导文件颁发。在戴小京看来，这已不是发一个文件就能解决农村问题的年代了，利益矛盾日趋复杂。
　　1989年初，戴小京去海里参加国务院副秘书长主持的粮食协调会，听到有关部委和有关省区在讨价还价，终于体会到“管柴盐油米的是怎么过日子的”。他们自然和作为改革咨议机构的农研室有所分歧，“执行部门觉得你们老影响我过日子，老想着改革，我日子都过不了，改个屁，是吧？他说我刚要把日子过好，你又改。我们则说过日子的人太保守，要你们这么过，就过到黑去了。但终归还是过日子的人多，一旦出点什么问题，大家都说是我们把这篓子捅大的。”
　　这一年，“物价闯关”已经失败，当戴小京去参加物价改革会议时，能感到艰难的关口已经来临。会上，物价局几位局长：一个管今年的价格改革，另一个管明后年的价格，还有一个管长远价格的，都说自己这个阶段动不了。“改革”像是烫手芋头，成了击鼓传花。