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人体的真菌感染可分为三大类:表面、皮下和全身感染.指甲和毛发等角质化组织的表面感染通常由皮肤真菌引起,而粘膜通常受念珠菌属真菌感染.多种微生物可引起皮下感染,常常因外伤引起.最严重的可危及生命的真菌感染是全身感染.在某些地区全身真菌感染是地方性流行病,如在密西西比河流域的组织胞浆菌病.可是,免疫缺陷病人在全球范围内均可能由共生且广泛分布的真菌(主要为念珠菌属和曲霉菌属)造成全身感染.