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洱海浮游植物优势种为蓝藻门的挪式微囊藻,次优势种为绿藻门的游丝藻和蓝藻门的惠氏微囊藻。洱海浮游植物年均生物量为3426万cell/L。全湖水体中的浮游植物分布中,北部湖域略高于南部,全湖呈均匀分布态势。洱海浮游植物历史变化表明,浮游植物种属由代表营养程度较低的单角盘星藻、小环藻、飞燕角甲藻等,转变为代表富营养程度的挪式微囊藻、游丝藻和惠氏微囊藻,生物量也由从20世纪50年代的6.49万cell/L激增至2014年的3426万cell/L。近60年,洱海水体营养程度由中营养状况转变为当前的初级富营养状态,富