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1989年有关文献报道,耳炎差异球菌被从慢性中耳炎患者的中耳渗出液(media ear effusion,MEE)中分离,并对这些细菌的生物学特性进行了描述,认为这些细菌是在低G+C含量革兰阳性球菌中,但未正式命名.1992年,Aguirre等[1]通过16S rRNA序列分析,将其正式命名为差异球菌属(Alloiococcus),耳炎差异球菌(A.otitis).1993年,yon Graevenitz[2]将其修正命名为A.otitidis.该菌DNA的G+Cmol%为44～45,模式株NCFB2890.目前,已知的差异球菌属仅有耳炎差异球菌1个菌种,被认为是健康人外耳道的正常菌群之一,与慢性渗出性中耳炎(otitis media with effusion,OME)有关。