【摘 要】
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菌株Z3是一株从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道样品中分离出的细菌.本研究利用Illumina HiSeq测序平台对其进行了测序,用SOAPdenovo等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释,并与别样玫瑰变色杆菌属(Aliiroseovarius)已知的5个种的模式株进行了比较基因组分析.基因组注释结果显示,Z3基因组大小为3525503bp,GC(guanylate and cytidylic acid)含量为59.4％,预测包含3509个编码蛋白基因.通过16
【机 构】
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宁波大学, 农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室, 浙江 宁波 315800;宁波大学海洋学院, 浙江 宁波 315800
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菌株Z3是一株从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道样品中分离出的细菌.本研究利用Illumina HiSeq测序平台对其进行了测序,用SOAPdenovo等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释,并与别样玫瑰变色杆菌属(Aliiroseovarius)已知的5个种的模式株进行了比较基因组分析.基因组注释结果显示,Z3基因组大小为3525503bp,GC(guanylate and cytidylic acid)含量为59.4％,预测包含3509个编码蛋白基因.通过16S rRNA基因全长序列比对、平均核苷酸一致性(ANI)、DNA-DNA杂交(DDH)和共线性分析发现,菌株Z3与Aliiroseovarius crassostreae CV919-312T的16S rRNA基因全长序列相似度最高,为98.20％,与Aliiroseovarius sediminilitoris DSM 29439T的DDH和ANI值最高,分别为26.80％和84.95％,属于Alliroseovarius属的新种,将其命名为Aliiroseovarius sp.Z3.经比较基因组分析发现,Aliiroseovarius sp.Z3与5个近缘的模式株细菌共享2005个直系同源核心基因簇;Z3拥有的413个独立基因经注释,主要与碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢、复制、重组及修复等功能相关.功能注释发现Z3具有进行完整的反硝化途径的相关基因,其利用的可能是环境中的硝酸盐、亚硝酸盐等.本研究对Z3全基因序列的注释、功能和比较基因组的分析,不仅丰富了Aliiroseovarius属细菌基因组资源,还为深入研究其反硝化特性等提供了基础.
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选取粤港澳大湾区典型城镇化地区广州市的流溪河—西航道—前航道为研究对象,分别于2020年7月和2021年1月开展野外调研采样活动,收集40个地表水水样样品,通过室内分析,利用水化学和同位素(δ15N-NO-3、δ18O-NO-3和δ15N-NH+4)等指标,探讨研究区河流氮素的时空分布特征及其来源,研究城市化对河流氮素的影响.结果表明:从上游到下游,人类活动对Cl-、NH+4-N、NO-3-N、DIN(溶解态无机氮)的质量浓度影响逐渐突显;丰水期NH+4-N、DIN较枯水期高,主要归因于外源输入的影响强于
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