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目的分析疟原虫镜检、抗原检测(快速诊断试验,RDT)和核酸检测(PCR)3种方法在疟疾病例检测应用中的效果。方法对2012-2015年上海市送检的疟疾病例和疑似疟疾病例血样的检测结果进行回顾性分析,以确诊病例为金标准,比较镜检、RDT和PCR等3种方法的诊断指标、虫种特异性鉴定能力和成本效益。不同检测方法的两两比较用χ2检验。结果 3种方法平行分析血样212份,结果显示,综合判定为阳性的167份,占78.8%,阴性45份,占21.2%。阳性血样中,120份为恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)感染,占71.9%;22份为间日疟原虫(P.vivax)感染,占13.2%;17份为卵形疟原虫(P.ovale)感染,占10.2%;6份为三日疟原虫(P.malariae)感染,占3.6%;2份为混合感染,占1.2%。3种检测方法的诊断效率以PCR最高,为96.2%(204/212),RDT次之,为93.2%(192/206),镜检最低,为88.2%(187/212);镜检与RDT和PCR比较,差异具有统计学意义(P<0.05);RDT与PCR比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与确诊病例比较,3种方法的总符合率以PCR最高,为95.3%(202/212),RDT次之,为93.2%(192/206),镜检最低,为88.2%(187/212);镜检与PCR比较,差异有统计学意义(P<0.05)。对非恶性疟原虫的3种疟原虫的种特异性鉴定能力,以PCR最高,为95.6%(43/45),镜检次之,为91.1%(41/45),RDT最低,为68.9%(31/45);PCR与RDT比较,差异有统计学意义(P<0.05);PCR与镜检比较,差异无统计学意义(P>0.05)。对恶性疟原虫单一虫种的鉴定能力,以RDT最优,为100%(116/116);PCR次之,为93.3%(112/120);镜检最低,为84.2%(101/120)。根据是否纳入诊断标准、对仪器设备和技术的要求、诊断效能、检测的成本耗时、应用培训以及技术推广等14项指标综合评测显示,RDT得分为37分(满分42分),成本效益最高,镜检和PCR得分分别为26和27分。结论在以输入性恶性疟为主的疫情形势下,3种检测方法比较,检测效果以PCR和RDT较高,种特异性鉴定能力以PCR和镜检较好,成本效益以RDT最佳。